Maak onderscheid tussen nuttige micro-organismen en pathogenen
Gedetailleerd inzicht in het microbioom in bodem, substraat en water is belangrijk omdat gezonde bodems en substraten de basis vormen voor weerbare teeltsystemen. Met Next Generation Sequencing (NGS) is het mogelijk om tot op soortniveau te begrijpen wat er leeft in de bodem, het substraat of het proceswater. Zo is NGS microbiome profiling een waardevolle aanvulling op BodemlevenMonitor en DNA Multiscan.
PLFA en DNA onderzoek
BodemlevenMonitor geeft een beeld van de functionele groepen micro-organismen in de bodem. Deze analyse is gebaseerd op de bepaling van PLFA’s die in een bepaald monster worden waargenomen. PLFA's zijn specifieke vetzuren die voorkomen in de celwanden van levende organismen. BodemlevenMonitor maakt echter geen onderscheid tussen soorten. Het is daarom niet mogelijk om nuttige micro-organismen van ziekteverwekkers te onderscheiden.
Binnen één functionele groep kunnen micro-organismen zich heel verschillend gedragen. Er zijn bijvoorbeeld positieve en negatieve schimmels (Fusarium versus Trichoderma) en niet alle Gram-positieve bacteriën zijn positief in de bodem. Als teler wilt u meer weten over de verschillende aanwezige micro-organismen of over het effect van een bepaalde bodembehandeling.
Naast Bodemleven Monitor kan Eurofins Horti ook DNA Multiscan uitvoeren in grond, water en substraat. Dit onderzoek geeft inzicht in de aanwezigheid van een aantal vooraf gedefinieerde, specifieke soorten in grond, water of substraat. Echter, dit onderzoek is vooral gericht op plantpathogenen.
NGS-technologie
Door het DNA van alle aanwezige micro-organismen te analyseren, is het mogelijk om onderscheid te maken tussen verschillende soorten binnen een functionele groep. Dit wordt gedaan met behulp van Next Generation Sequencing (NGS). Deze innovatieve technologie brengt het DNA van micro-organismen nauwkeurig in kaart.
NGS stelt Eurofins Horti in staat om het DNA van het bodemmicrobioom volledig te karakteriseren, waardoor we het DNA van vele schimmels en bacteriën in kaart kunnen brengen. Vervolgens kunnen we deze aanwezige schimmels en bacteriën typeren en visualiseren.
Van data naar interpretatie
Visualisatie geeft een duidelijk beeld van wat er leeft in de bodem, het substraat of het water. En het maakt het mogelijk om de goede van de slechte soorten binnen een schimmel- of bacteriefamilie te onderscheiden.
Eurofins Horti werkt aan de verdere ontwikkeling van deze technologie. Op dit moment onderzoeken we de functionele interpretatie en visualisatie van de verkregen data.
Meer weten?
Neem contact op met Frank Hoeberichts via Frank.Hoeberichts@ftbnl.eurofins.com